Roku 1962 se objevila Jawa 250 typ 559. Jednalo se o modernizovaný motocykl, která vůči předcházejícímu typu 353 měl světlometů ve své horní části přikryt. Tento kryt zakrýval také částečně řidiče. Také realizace tachometru byla nová, kombinovaná se spínací skříňkou a s ovládáním světel. Zadní sdružené světlo bylo z umělé hmoty, sedlo bylo uzamykatelné. Po jeho zvednutí bylo možné otevřít boční schránky.

Výkon motoru se zvýšil z 8,8 kW (12 PS) na 10,3 kW (14 PS) při 5000 ot. za min. Kompresní poměr 7,7:1. Přeplachovací kanálky, které byly dosud v motorové skříni, se nyní nacházely v přepracovaném válci. Hrdlo karburátoru proto směřuje k válci a ne jako dosud k motorové skříni. Motocykl obdržel také sytič. Výfukové potrubí bylo u válce upevněno mnohem menší maticí. Dosavadní typy měly klikový mechanizmus uložený ve třech ložiskách - jedno na straně baterie a dvě na straně primárního řetězu. První série typu 559 měly klikový mechanizmus uložený jen ve dvou ložiskách, což se ale ukázalo jako nevýhodný. Proto se od roku 1965 zase vrátilo k původnímu konstrukčnímu řešení.

Roku 1963 se objevila Jawa 250 typ 559/03 s automatickou odstředivou spojkou, originální konstrukční řešení Jawy. Byla nasazena na hlavním hřídeli převodovky, pracovala v oleji, měla vícelamelovou konstrukci. Vedle samočinného spojování a rozpojování hnacího a hnaného dílu byla vybavena i ručním ovládáním a poloautomatickým vypínáním, spraženým s řadicí pákou. K ovládání motocyklu tak stačila jen otočná rukojeť plynu, řadicí páka a brzdy. Při rozjezdu stačilo přidat plyn a motocykl se plynule rozjel, při zastavení se spojka samočinně rozpojila a motor běžel na volnoběh. Umožnila i roztlačování stroje a byla o málo dražší než dosavadní normální spojka. Díky rychlé rekci na přidání plynu a sníženému blatníku měl motocykl zvláštní sportovní atmosféru. Později byla spojka vylepšena proti proklouznutí při silném a náhlém záběru. Gumový tlumič nárazu v náboji zadního kola zvyšoval životnost agregátu. Změny doznala také přední vidlice. Dvěstěpadesátka byla také vybavena držákem pro malý zavazadlový vůz PAV, který byl zavěšen za zadním kolem. Sací systém byl přepracován, pro země s větší poznávací značkou (SRN, Velká Británie) byla upravena záď motocyklu. Odlišný byl model pro Iráckou policii. Některé modely měly mag. dynamo, jiné neměly sytič. Zvláštní typ byla Jawa 559/04/08 s dvojitým řízením.

Tak jako dvěstěpadesátka byla modernizovaná i třistapadesátka, ovšem o dva roky později a to roku 1964 jako typ 360. Spolu s dvěstěpadesátkou se vyráběla až do roku 1974. Třistapadesátka byl dodávána také s přívěsným vozíkem Velorex zkonstruovaným v Jawě. Také tento motocykl se objevil s automatickou odstředivou spojkou Jawa. Ta byla jiná pro Mexico, Bolívii, pro bývalou SSSR, Velkou Británii nebo bývalou NDR. A opět jiná pro prodejní síť obchodních domů Neckermann. Třistapadesátku bylo možné také dostat s elektrikou upravenou na střídavý proud.

Typ 360 se objevil také v provedení Californian (360/04). Jak již název napovídá, jednalo se o motocykl určený pro trh USA, kde byla Jawa dobře zavedena. Californian se lišil od základního provedení především sportovním tvarem, zúžený blatník, nahoru vedeny výfukové trubice a řada dalších. Všechny tyto změny nalezly použití také u ostatních typů Jaw. 
 

V letech 1969-74 byl v prodeji modernizovaný stroj 250 typ 592. Třistapadesátky (typ 363) se do výroby nedostaly. Motocykl měl nádrž s bočnicemi vypadající stejně jako na modelu Californian, zadní nové velké světlo bylo uméstěno na plechu a motocykl byl dle nové vyhlášky osazen ukazately směru. První kusy měly ještě hluboký přední blatník, novější již mělký.