15. března 1939 přepadlo fašistické Německo Československou republiku. Během jedné noci se změnil život celého národa. Samozřejmě taky v Jawě, již v dubnu se musela přizpůsobit. Němcům bylo známo, že je vybavena špičkovou technologií a pracují tam schopní lidé. Proto zde byla přenesena výroba některých součástí pro letecké motory, nosiče bomb a stacionární motory pro generátory. Výroba motocyklů byla už jen okrajová a v roce 1940 se zcela zastavila. Podle předpisů musely být všechny vyrobené části odevzdány a přetaveny. To znamenalo zničit přibližně 8 500 motocyklů a 700 automobilů těsně před dokončením.

Kromě toho zůstaly v továrně rozsáhlé zásoby pro výrobu motocyklů a automobilů, jako jsou trubky, hrubé odlitky, ložiska, cívky, válce a plechy, což mělo být také odevzdáno. Bylo nutné si pospíšit a odvést a schovat sklad materiálu, aby se nedostal do nesprávných rukou. Tomu pomohla příslovečná důkladnost reorganizace nových pánů továrny a úřadů. Každá instituce obdržela od nadřízených orgánů plán a kartotéku. Takže úřad, který chtěl něco zkonfiskovat, obdržel odpověď z Jawy, že požadované věci jsou již dlouho zabaveny jiným úřadem. Tímto způsobem se ztratil materiál a žádná kontrola již nebyla možná. Tak například kuličky do ložisek byly v bednách s označením vojenská správa. A pod vymyšlenou značkou bedny nikde nebyly objeveny, nemohly být tedy ani zabaveny. Mimo to byly najaty stodoly a zavřené hostince v okolí Prahy, kde byl uskladněn materiál pro výrobu motocyklů a automobilů. Kartotéka, která nemohla být vynesena z továrny ven, byla přepsána. Tak mohlo ujít kontrole velké množství odlitků, které byly schovány v Týnci nad Sázavou pod hromadou starého železa přímo v objektu slévárny.

Tucty lidí horečně pracovalo na záchraně nejrůznějších věcí. Nikdo se nedomníval, že by tisíciletá říše mohla přežít déle než několik roků. Bylo to však obrovské riziko. Tehdy byl trest smrti za mnohem menší přestupky. Ze začátku se pracující v továrně jen těžko přizpůsobovali novým podmínkám. Trvalo to dlouho, proto řada nadšených lidí začala zabraňovat hrozícímu nervovému kolapsu. Rozhodli se, že připraví nové motocykly pro nový život. To nebyl v žádném případě akt svéhlavosti některých snílků a dobrodružných mladých lidí, ale velkorysý program, na kterém se podílelo mnoho lidí. Již roku 1940 se začalo pracovat na dvou projektech. První byl nový motocykl, ten druhý nový automobil.